Kinh tế ngầm có nhiều ảnh hưởng không tốt đến nền kinh tế như: không tính thuế (ảnh hưởng đến nguồn thu của Chính phủ), không được tính vào Tổng GDP (ảnh hưởng đến số liệu thống kê), ngoài ra đây là nơi diễn ra các hoạt động bất hợp pháp (như ma túy, mại dâm, buôn người) ảnh hưởng xấu đến kinh tế, văn hóa, xã hội Quốc gia.
Kinh tế ngầm sẽ không cung cấp thông tin đầy đủ và chính xác để hoạch định các chính sách vĩ mô hợp lý; hiệu lực của các chính sách, hiệu lực quản lý nhà nước, hiệu lực luật pháp cũng hết sức hạn chế, thậm chí bị chệch hướng, vô hiệu hóa.
Kinh tế ngầm sẽ làm cho doanh nghiệp và sản phẩm giảm năng lực cạnh tranh cả ở tầm quốc gia, khó có thể hội nhập được với các hoạt động thương mại quốc tế để tận dụng hết được các cơ hội có được nhờ hội nhập, và rất dễ bị ra khỏi dòng vận động của kinh tế quốc tế, trở thành "ngoại vi" của nó. Một nền kinh tế như vậy có nguy cơ đẩy một quốc gia càng tụt hậu xa hơn về kinh tế so với các nước khác, kể cả các nước trong khu vực.
Tạo ra môi trường kinh doanh không bình đẳng, không đáng tin cậy, bất lợi cho người kinh doanh trung thực, bất lợi cho khu vực chính quy.
Tạo nên những yếu tố bất ổn, không lường hết rủi ro khi quyết định đầu tư.
Không khuyến khích và thúc đẩy tính sáng tạo, không khuyến khích đầu tư dài hạn, đầu tư quy mô lớn, đầu tư phát triển nguồn nhân lực...
Hạn chế cơ hội và quy mô kinh doanh do mối quan hệ góp vốn chủ yếu dựa trên quan hệ gia đình, họ hàng, thân quen, không thể phát triển đến quy mô lớn để tận dụng được lợi thế quy mô.
Tạo ra dư địa lớn cho công chức nhà nước sách nhiễu, đòi hối lộ và lạm dụng quyền lực phục vụ ý đồ, lợi ích cá nhân.
Người làm việc ở Khu vực kinh tế ngầm không được bảo hiểm y tế hoặc các hình thức an sinh xã hội khác.
Ảnh hưởng tích cực
Có đến hàng triệu người trên thế giới sống nhờ vào những công việc lặt vặt mà các nhà Kinh tế học vẫn thường xếp vào dạng Kinh tế ngầm, hay còn gọi là phi chính thức. Tại nhiều nước đang phát triển, khu vực ngầm này đang phát triển mạnh.
Tại Chợ Giời ở Hà Nội hay ở chỗ nào đó, chỉ cần bày ra vài sản phẩm hoặc dịch vụ sửa chữa nào đó là có thể kiếm sống qua ngày. Hình ảnh này rất phổ biến ở nhiều địa phương của Việt Nam. Nếu tính theo tiêu chuẩn chung, những người buôn bán lặt vặt này có thu nhập rất thấp. Nhưng nếu không có nó, họ sẽ chẳng có nguồn thu nhập nào cả.
Khu vực Kinh tế ngầm sẽ thu nhận nhiều người và giúp họ có nguồn thu nhập.
Kinh tế ngầm cho phép một Quốc gia tồn tại trong giai đoạn kinh tế suy thoái.
